تعدادی از انجمن‌های مرمت در آذربایجان شرقی درحالی نسبت به مرمت‌های غیراصولی و مداخلات صورت گرفته در بناهای تاریخی آذربایجان‌شرقی به‌ویژه مسجد کبود تبریز و گنبدهای تاریخی مراغه انتقاد جدی داشتند که معاون میراث‌فرهنگی این استان تاکید کرد که هیچ گونه مداخله مرمتی روی این آثار صورت نگرفته و صرفا پاکسازی، تثبیت و مرمت‌های اضطراری بوده است. شیب‌بندی پشت‌بام مسجد کبود مشکل داشت به‌طوری که جمع شدن آب و نفوذ رطوبت باعث ریزش روزانه کاشی‌های گنبد کبود شده بود با حذف رطوبت، تثبت و مرمت‌ اضطراری باعث حفظ کاشی‌ها شدیم. گنبدهای تاریخی مراغه در دوره پهلوی مرمت‌های غیراصولی شده بود که بندکشی‌های سیمانی را با مصالح و مواد مرمتی مناسب جایگزین کردیم. به‌ گزارش خبرنگار ایلنا، مسجد کبود یکی از چهار مسجد تزئیین شده با کاشیکاری‌های آبی در جهان است. این مسجد تاریخی که تنها اثر باقیمانده از سلسله قراقویونلوها در ایران است، سال ۱۳۱۰ در فهرست آثار ملی ایران به ثبت رسید و سال ۱۳۱۸ نیز کار ترمیم گنبدها و بازسازی مسجد آغاز و این روند تا سال ۱۳۵۵ ادامه یافت. اما در دهه‌های گذشته مرمت و بازسازی این مسجد چنان غیراصولی بوده است که بخش‌های الحاقی زیادی به آن افزوده شد. «وحید نواداد» معاون میراث‌فرهنگی استان آذربایجان شرقی در پاسخ به مرمت‌های غیراصولی که به تازگی در مسجد کبود و گنبدهای تاریخی مراغه صورت گرفته، به ایلنا گفت:  تمام پروژه‌های مرمتی و مطالعاتی میراث‌فرهنگی در استان آذربایجان شرقی از جمله گنبدهای مراغه، سردرب مسجد کبود بر اساس مطالعات اولیه‌، طرح‌های حفاظت و مرمت که شامل استحکام‌بخشی و نجات‌بخشی اضطراری می‌شود، انجام می‌گیرد.