تهران- ایرنا- یکی از ابهام‌های مهم و همچنان باقی پیرامون کتاب «تنبیهُ الاُمَّة و تَنْزیهُ المِلَّة» به سرنوشت آن بازمی گردد. مشهور است که نویسنده پرآوازه این کتابِ کم نظیر در اواخر عمر خود از نوشتن این رساله اظهار پشیمانی کرده و «از برادر زن خود، میرزا محمود یزدی که کتاب تنبیهُ الاُمَّة را چاپ کرده بود، خواست که نسخه‌های آن را جمع‌آوری کرده به رود دجله بیفکند؛ نکته اخیر البته مورد اختلاف است.»