آیین‌نامه جدید انتخاب شهردار که پیش‌تر به زاکانی اجازه می‌داد بدون رشته تحصیلی مرتبط دوباره شهردار شود، پس از اصلاح دولت و اعلام نظر مجلس، دیگر چنین امکانی را فراهم نمی‌کند. هیئت وزیران در شهریور ۱۴۰۴ آیین‌نامه اجرائی رشته‌های تحصیلی مرتبط برای انتخاب شهردار را تصویب کرد. طبق این آیین‌نامه، تنها افراد با رشته تحصیلی مشخص می‌توانستند شهردار شوند و در میان رشته‌ها، تخصص زاکانی در پزشکی هسته‌ای جایی نداشت. آیین‌نامه جدید انتخاب شهردار که پیش‌تر به زاکانی اجازه می‌داد بدون رشته تحصیلی مرتبط دوباره شهردار شود، پس از اصلاح دولت و اعلام نظر مجلس، دیگر چنین امکانی را فراهم نمی‌کند. هیئت وزیران در شهریور ۱۴۰۴ آیین‌نامه اجرائی رشته‌های تحصیلی مرتبط برای انتخاب شهردار را تصویب کرد. طبق این آیین‌نامه، تنها افراد با رشته تحصیلی مشخص می‌توانستند شهردار شوند و در میان رشته‌ها، تخصص زاکانی در پزشکی هسته‌ای جایی نداشت. با این حال، ماده چهار آیین‌نامه به کسانی که حداقل سه سال سابقه شهرداری داشتند، اجازه می‌داد بدون مدرک مرتبط، برای تصدی دوباره شهرداری نامزد شوند. این بند، در نگاه اول راهی برای انتخاب مجدد زاکانی فراهم کرده بود. اواخر مهر ۱۴۰۴، مجلس شورای اسلامی این ماده را مغایر قانون دانست و تأکید کرد که داشتن مدرک تحصیلی مرتبط برای احراز سمت شهردار الزامی است. در پی آن، معاون اول دولت، تغییرات لازم را ابلاغ کرد و ماده چهار آیین‌نامه حذف شد. با این اصلاح، زاکانی اکنون نه مدرک تحصیلی مرتبط دارد و نه می‌تواند از سابقه شهرداری برای معافیت استفاده کند، و مسیر انتخاب مجدد او با محدودیت قانونی روبه‌رو شد.