رهبر انقلاب اسلامی گفتند: آیت‌الله میلانی از چهره‌های برجسته حوزه‌های علمیه و یکی از قله‌های علمی حوزه مشهد بودند. با حضور ایشان، حوزه علمیه مشهد که دوره‌ای از رکود را پشت سر می‌گذاشت، دوباره احیا شد و این حوزه از نظر فقه و اصول، جان تازه‌ای گرفت. به گزارش ایلنا، آیت‌الله خامنه‌ای، رهبر انقلاب اسلامی امروز پنجشنبه پیامی خطاب به «کنگره بزرگداشت مرحوم آیت‌الله میلانی» که در تالار قدس حرم مطهر رضوی برگزار شد، صادر کردند. متن پیام بدین شرح است: