El Fondo Documental de la Memoria Histórica en Navarra (FDMHN) es un proyecto de investigación de la UPNA, un órgano autónomo que depende orgánicamente de la universidad y está financiado por el Parlamento y el Instituto Navarro de la Memoria. Su origen se remonta al año 2009, cuando el Parlamento insta a la Mesa a firmar un acuerdo de colaboración con la UPNA para crear un fondo documental para la memoria histórica de Navarra, orientado sobre todo a la recopilación de las personas represaliadas en la Guerra Civil y en el franquismo. Con ambas instituciones en manos entonces de UPN, en 2011 se firmó el primer convenio de colaboración para cuatro años (2011-2015 ). Desde entonces, se han rubricado cuatro cuatrianuales, y, a partir de 2016, uno anual con el Gobierno de Navarra.