محمد علی جناح به‌عنوان بنیان‌گذار پاکستان، نه‌تنها مسئول سازمان‌دهی و رهبری مسلم لیگ در این فرایند بود، بلکه در مذاکرات پیچیده‌ای که منجر به استقلال هند و تقسیم آن به دو کشور شد، نقش کلیدی داشت. او به‌ویژه در جریان اعتراضات ۱۹۴۰ و اعلام قانون «دو ملت»، نظریه‌ای را مطرح کرد که معتقد بود مسلمانان و هندوها دو ملت جدا از هم هستند و نمی‌توانند در یک دولت واحد زندگی کنند.