A kávéfőző víztartálya könnyen a baktériumok és szennyeződések melegágya lehet, ha nem tisztítjuk rendszeresen. A pangó víz, a vízkő és a régi vízmaradványok nemcsak a kávé ízét rontják, hanem egészségügyi kockázatot is jelenthetnek. A tisztítás egyszerű: naponta érdemes kiüríteni és kiöblíteni a tartályt, hetente pedig alaposabban is elmosni. A tejtartály és a csövek tisztítása szintén fontos, hiszen ezekben a tejmaradványok gyorsan megromolhatnak. Egy tiszta kávéfőző nemcsak finomabb, hanem biztonságosabb kávét is készít.