Oficialmente, 'Metroid Prime 4 Beyond' se ha publicado sin cortes ni censura, pero varios jugadores han descubierto en sus archivos internos más de 30 minutos de líneas grabadas que no aparecen durante la partida. El material incluye conversaciones entre los PNJ (personajes no jugables) que acompañan a Samus Aran a lo largo de la campaña, algo que, por otro lado, ya había sido objeto de críticas desde el estreno.