De acuerdo a la empresa Ferrocarril Transandino (FTSA), concesionaria de la vía férrea, la colisión se produjo en torno a las 13.20 hora local (20.20) a la altura del kilómetro 94,4, a su paso por el Pampacahua, un sector de difícil acceso donde únicamente pasan los rieles en paralelo al río Vilcanota, en la región de Cusco.