הסתדרות המעוף עתרה לבית הדין לעבודה נגד המדינה והיישובים, בטענה שהאיחוד בין שער שומרון לאלקנה נעשה בלי הסדרת זכויות העובדים ובלי מו״מ, ומסכן את פרנסתם של כ-250 עובדים ואת השירות לכ-10,000 תושבים