لسنوات مضت، ومنذ إعلان تأسيسه في 2017، استثمر المجلس الانتقالي الجنوبي وجود ألوية سلفية تقاتل في صفوفه، بكسب تأييد علماء ما يُعرف بـ"التيار المدخلي"، والذين كان في مقدمتهم الشيخ السعودي ربيع المدخلي (توفي صيف العام 2025).