윤석열 전 대통령이 ‘서해 공무원 피살 은폐 의혹’ 사건과 관련해 박지원 전 국정원장 등에 대해 고발하라고 2022년 7월 국가정보원에 직접 지시한 내용이 판결문에 포함됐다. 7일 동아일보 취재를 종합하면 666쪽 분량의 ‘서해 공무원 피격 은폐 사건’ 1심 판결문에는 윤 전 대통령과 대통령실이 사건 처리와 관련한 의사결정 과정에 개입했던 내용이 담겨 있는 것으로 알려졌다. 2022년 7월 5일 오전 9시 30분경 김규현 당시 국정원장이 윤 전 대통령에 ‘박 전 원장 등을 수사 의뢰하겠다’는 취지로 보고했지만, 윤 전 대통령은 국정원이 직접 고발하라고 지시했다는 것이다. 김 전 원장은 당시 윤 전 대통령에게 가져간 보고 문건에 ‘대통령 고발 지시’라는 메모를 적은 것으로도 알려졌다. 실제로 국정원은 윤 전 대통령이 지시한 다음날인 2022년 7월 6일 박 전 원장을 ‘서해 공무원 피격 사건’ 관련 첩보 보고서 등을 무단 삭제한 혐의로 대검찰청에 고발했다. 국방부와 해양경찰청이 서해