مدیرکل دفتر بهبود تغذیه جامعه وزارت بهداشت در واکنش به اظهاراتی از مرکز پژوهش‌های مجلس درباره «هدررفت بودجه شیر مدارس»، با تاکید بر اثربخشی این برنامه در بهبود وضعیت تغذیه کودکان اعلام کرد: ارزیابی اجرای شیر مدارس در سال ۱۴۰۲ نشان می‌دهد کوتاه‌قدی دانش‌آموزان تا ۱.۵ درصد کاهش یافته و حذف بودجه این برنامه، تهدیدی مستقیم برای سلامت نسل آینده است. دکتر احمد اسماعیل‌زاده با بیان اینکه برنامه شیر مدارس از برنامه‌های مهم کشور است، گفت: این برنامه با حمایت رئیس‌جمهور در تمام کشور در حال اجرا است و خوشبختانه بودجه خوبی به منظور اجرای آن تخصیص داده‌اند. البته چالش‌های موجود بر مسیر اجرای برنامه شیر مدارس سبب شد که این برنامه با تاخیر اجرا شود. در مجموع وزارت بهداشت نه تنها انتظار دارد که برنامه  شیر مدرسه برای سال‌های آینده ادامه داشته باشد، بلکه چالش‌های آن از میان برداشته و تقویت شود. انتقاد وزارت بهداشت از پیشنهاد حذف بودجه شیر مدارس