Rekam jejak aktivisme Munir Said Thalib banyak bersinggungan dengan otoritas militer, terutama saat memasuki masa kejatuhan Orde Baru. Kekuasaan militer Soeharto turut membentuk sikap dan pandangannya terkait kemanusiaan, di samping penolakan terhadap intervensi tentara di kehidupan sipil.