Cơ cấu cổ đông sáng lập của Crystal Bay Airlines, Công ty cổ phần Tập đoàn Du lịch Crystal Bay góp 282 tỷ đồng, tương đương 94% vốn điều lệ. Ông Nguyễn Đức Chi, góp 15 tỷ đồng, chiếm 5% và ông Bùi Tường Chi góp 3 tỷ, nắm 1% còn lại.