Fenerbahçe taraftarı Jose Mourinho'dan çok çekti. Onun döneminde çok mutsuz oldu. Ancak Portekizli teknik adam son günlerde çok çirkin bir iddiayla karşı karşıya. Zamanında Manchester United'dan ayrıldığında da, Portekiz'de Uniao de Leiria'yı çalıştırdığı dönemde de Jose Mourinho benzer iddialarla itham edilmişti.