Menntakerfi hafa þá sérstöðu að erfitt getur reynst að átta sig á orsakasamhengi. Breyturnar eru margar, jafnt innri sem ytri breytur. Samkvæmt samantekt Pasi Sahlberg skýrast í mesta lagi 40% af breytileika í frammistöðu nemenda af innri þáttum, svo sem námsskipulagi, skólamenningu, aðstöðu og faglegri forystu.