Kleber Mendonça Filho negou o uso da Lei Rouanet em O Agente Secreto, explicando que a legislação nem sequer permite o financiamento de longas-metragens. O filme foi viabilizado com R$ 7,5 milhões do Fundo Setorial do Audiovisual (Ancine), além de investimentos da iniciativa privada brasileira. O restante do orçamento de R$ 27 milhões foi completado por recursos de coprodução internacional vindos da França, Alemanha e Holanda.