Le PNDES I a amorcé en mi-2016. Après avoir fait son palmarès en 4 ans, il sera remplacé par sa seconde phase. Ainsi, le PNDES-II s’est doté d'un nouveau dispositif institutionnel de suivi, avec un Comité national de pilotage présidé par le Premier ministre, un Comité technique national, des cadres sectoriels et régionaux de dialogue, et un Secrétariat exécutif national.