Domateslerin çürümesini önlemek için saklama şekline dikkat etmek gerekir. Oda sıcaklığında ve hava alan kaplarda muhafaza etmek en iyisidir, dolap çok soğuksa dokusunu bozabilir. Olgunlaşma durumuna göre ayırmak ve hasarlı olanları ayrı tutmak çürüme riskini azaltır. Ayrıca saklama alanının temizliği ve domatesleri ihtiyaç duyulduğunda yıkamak uzun ömürlü olmasını sağlar.