ब्राह्मपुत्र और बराक नदियों सहित उत्तर पूर्व भारत के 20 राष्ट्रीय जलमार्गों को सुरक्षा प्रदान करने के व्यापक प्रबंध किए गए हैं. हर जलमार्ग पर अलग-अलग कार्यक्रम जैसे जेटी, टर्मिनल, रिवर क्रूज, पैसेंजर और कार्गो वेसेल्स के मूवमेंट को ध्यान में रखते हुए विभागीय जिम्मेदारियां सौंपी गई हैं.