آیتالله خامنهای در ۱۳۴۳ش به دلیل عارضهی بینایی پدر و کمک به وی به ضرورت از قم به مشهد بازگشت و بار دیگر در جلسات درس آیتالله میلانی حضور یافت که تا سال ۱۳۴۹ ادامه داشت.