Khameneije bio ključni stup sustava Islamske Republike, države u kojoj formalne institucije poput predsjednika i parlamenta postoje, ali konačne odluke donosi vrhovni vođa. On kontrolira oružane snage, Revolucionarnu gardu, obavještajni aparat, pravosuđe, državne medije i stratešku vanjsku politiku. Predsjednik države vodi izvršnu vlast, ali ostaje podređen vrhovnom vođi, dok Vijeće čuvara i Skupština stručnjaka nadziru politički sustav i biraju njegova nasljednika