يعاني مرضى جرثومة المعدة من أعراض مزعجة مثل آلام المعدة، الحموضة، الانتفاخ والغثيان، وتزداد هذه الأعراض سوءًا عند تناول بعض الأطعمة التي تهيّج بطانة المعدة أو ترفع نسبة الحموضة.