رئیس‌ جمهوری اسلامی ایران در دوره‌های هفتم و هشتم عنوان کرد: شهادت رهبر معظم انقلاب، آیت‌الله خامنه‌ای که به دست ناپاک تجاوزگران زورگو رخ داد، جنایتی است بزرگ و حادثه‌ای دردآور برای امروز و آینده ایران و نشانه‌ ای آشکار از سلطه‌گرایی حاکم بر جهان امروز و خشم و کینی که دشمنان آزادی و استقلال و عزت ایران و اقتدار و یکپارچگی و ایستادن بر پای خود دارند. سیدمحمد خاتمی در پی شهادت رهبر معظم انقلاب اسلامی پیام تسلیتی را به شرح زیر صادر کرد: «بسم الله الرحمن الرحیم