سید علی خمینی با اشاره به شرایط کشور تصریح کرد: امروز زمان گوشه‌گیری، عزلت و گریه نیست، بلکه روز حرکت و قیام است. ملت ایران در طول سال‌های گذشته نشان داده است که با از دست دادن خدمتگزاران و حتی رهبران خود، عقب‌نشینی نمی‌کند، بلکه هر روز قوی‌تر از گذشته به پیش می‌رود. حجت‌الاسلام والمسلمین سید علی خمینی در پیامی تصویری، با اشاره به آنچه «ضایعه‌ای دردناک برای ملت ایران» خواند، اظهار کرد: این حادثه برای ملت بزرگ ایران بسیار سنگین و جانکاه است و تنها لطف الهی می‌تواند مرهمی بر این داغ باشد. وی با بیان اینکه بار دیگر دست شیطان از آستین جنایتکار آمریکا و اسرائیل بیرون آمد، این اقدام را ناشی از دشمنی مستمر استکبار با ملت ایران دانست و گفت: روح مجاهدی بزرگ که از جوانی در میدان‌های نبرد با ظلم و استکبار حضور داشت، از میان ما رفت.