Yoğurt mayalanırken pütür pütür olmasının en yaygın nedenleri sütün uygun sıcaklıkta olmaması ve mayanın yetersiz veya kalitesiz olmasıdır. Ayrıca, mayayı ekledikten sonra sütün aşırı karıştırılması da topaklanmaya yol açar. Ortam sıcaklığının dengesiz olması ve sütün kaynatılma ile soğutulma sürecindeki hatalar da yoğurdun pürüzsüz olmamasına sebep olur. Tüm bu etkenler bir araya geldiğinde, yoğurt homojen kıvamını kaybederek pütürlü bir dokuya sahip olur.