خلال الكوابيس تنشط اللوزة الدماغية المسؤولة عن العواطف، بينما يهدأ مركز المنطق، ويظل مركز الرؤية في الدماغ نشطا، ما يفسر ظهور صور حية ومخيفة في الحلم.