Şener’in örgüt lideri olarak gösterildiği iddianamede, Emrah Şener, Baran Aytaş, Bora Koç, Muhammed Güven ve İbrahim Şener’in de aralarında bulunduğu 9 şüphelinin, “suç işlemek amacıyla örgüt kurmak”, “suç işlemek amacıyla kurulan örgüte üye olmak”, “kamu kurum veya kuruluşlarının ihalesine fesat karıştırmak”, “edimin ifasına fesat karıştırmak”, “6493 sayılı yasaya muhalefet”, “nitelikli dolandırıcılık” ve “özel belgede sahtecilik” suçlarından 14 yıldan 57 yıla kadar değişen sürelerde hapisle cezalandırılmaları istendi. Hazırlanan iddianame, değerlendirilmek üzere İstanbul Ağır Ceza Mahkemesine gönderildi.