I slutet av 2024 meddelade skådespelaren att han drabbats av ändtarmscancer. Van Der Beeks fru Kimberley skriver om hans bortgång i ett inlägg på Instagram: ”Vår älskade James David Van Der Beek gick fridfullt bort i morse. Han mötte sina sista dagar med mod, tro och nåd”, skriver hon. Familjen ber om att få sörja i fred.