日菲在南中国海的专属经济区存在重叠,与台湾主张的专属经济区也高度重叠。对于日菲宣布协商海洋划界,台湾官方最初并未警觉且表示“肯定”,直到争议闹大,才表示日菲协商不应该损及台湾的利益,或在损及台湾利益时与台方协商。