موزه باستان شناسی زنجان از ۳ بخش مختلف همانند پیش از تاریخ، بخش تاریخی و بخش تاریخ اسلامی تشکیل شده است و در هر کدام از آنها، اشیاء مربوط به آن زمان نگهداری میشود.