לוי נפטר לאחר שאושפז בבית חולים במצב קשה. מטעם משפחתו נמסר: "בכאב בלתי נתפס אנחנו מודיעים על פטירתו של ישי לוי הלילה. נעדכן באופן מסודר בשעת ומיקום ההלוויה היום. אין מילים כרגע". בן 63 היה במותו